I metodi di regolazione della flora intestinale nella sindrome dell'intestino irritabile includono attualmente interventi dietetici, farmaci antimicrobici, terapia probiotica e trapianti fecali.

1. Interventi dietetici.La struttura della dieta è un fattore determinante per la struttura e la funzione della flora intestinale umana. Sia le diete a lungo che quelle a breve termine influenzano in modo significativo o meno la composizione microecologica dell'intestino. La flora intestinale può convertire componenti alimentari complessi in un'ampia varietà di metaboliti. Alcuni studi hanno dimostrato che le diete a base di FODMAP (oligosaccaridi, disaccaridi, monosaccaridi e polioli fermentabili) alterano i livelli di istamina e la composizione microbica e le frazioni di metaboliti in pazienti affetti da sindrome dell'intestino irritabile (IBS), con una leggera diminuzione della produzione di H2, una diminuzione significativa dei livelli di istamina, un aumento dell'abbondanza e della diversità degli attinomiceti e una diminuzione significativa dell'abbondanza relativa e della diversità dei batteri nei pazienti che seguono una dieta a basso contenuto di FODMAP rispetto ai pazienti che seguono una dieta ad alto contenuto di FODMAP. L'abbondanza relativa era significativamente più bassa nel gruppo che seguiva una dieta ad alto contenuto di FODMAP.

2. Antimicrobici.L'uso di antimicrobici nel trattamento della sindrome dell'intestino irritabile (IBS) è attualmente controverso, poiché un uso inappropriato può portare a ulteriori effetti avversi o a nuovi disturbi della flora. La rifaximina è attualmente l'unico farmaco antimicrobico orale non assorbibile approvato dalla Food and Drug Administration (FDA) statunitense per il trattamento della sindrome dell'intestino irritabile (IBS) diarroica e la maggior parte degli studi sostiene il suo effetto modulatore sulla flora intestinale dell'IBS. La rifaximina orale può aumentare il numero di batteri benefici come Lactobacillus e Bifidobacterium nel tratto intestinale e ridurre il numero di batteri patogeni opportunistici come le Enterobacteriaceae.

3. Probiotici.È ormai noto che alcuni probiotici possono colonizzare l'intestino, come il Bifidobacterium longum e il Bifidobacterium polymorphum, che possono entrare a far parte della flora intestinale, mentre altri ceppi di batteri possono sopravvivere nell'intestino ma non possono colonizzarlo per un lungo periodo di tempo, il che può essere dovuto all'effetto inibitorio competitivo della flora intrinseca, come il Bifidobacterium infantis, il Lactobacillus casei e il Bifidobacterium animalis, che possono svolgere un ruolo nell'influenzare la flora intestinale intrinseca. Uno studio ha rilevato che i pazienti con sindrome dell'intestino irritabile che hanno ricevuto Bifidobacterium infantis per via orale per 8 settimane hanno avuto un aumento significativo dell'abbondanza di Clostridium anisopliae fecale e di eubatteri rettali rispetto al livello pre-trattamento.

4. Trapianti fecali.Il trapianto di batteri fecali è un metodo terapeutico per ricostruire il micro-ecosistema intestinale e la sua applicazione alle infezioni ricorrenti da Clostridium difficile e alle malattie infiammatorie intestinali ha fatto notevoli progressi. La tecnologia di estrazione e isolamento dei batteri fecali è diventata sempre più matura e alcuni studi in Europa e negli Stati Uniti hanno provato a utilizzarla per il trattamento della sindrome dell'intestino irritabile; i risultati mostrano che può raggiungere un tasso di guarigione del 36% (20/55) e un tasso di sollievo dai sintomi del 70%-89%, il che mostra una migliore prospettiva di applicazione clinica.